归档文件的整理原则是：

1、遵循文件的形成规律，保持文件之间有机联系。文件的形成有其自身的规律和特点。不同的机关，尽管其职责和业务范围各不相同，但各项职能活动总是存在着各方面的联系，所形成的文件之间必然有一定规律，这种规律也就是文件之间有机联系的具体表现。文件之间的这种联系既能反映出机关职能活动的历史面貌，同时也符合人们查找利用档案的心理预期，为检索提供了线索。因此，进行归档文件整理工作，必须遵循文件的形成规律，保持文件之间的有机联系。

2、区分不同价值。不是所有办理完毕的文件材料都需要整理归档，而是要依照国家有关规定，区分归档范围内不同文件的价值，找定不同保管期限。