1）协议股权转让并购是为了获取企业生产能力或技术核心，目的是长期持有，并形成本企业竞争力；私募股权投资并购是为了获取机会投资，整合包装企业后再出售，目的是获取股权的差额利润。
2）协议股权转让并购是投资行为；私募股权投资并购是投机行为。
3）协议股权转让并购后主要是整合企业资源、管理、文化等，做强多大企业；私募股权投资并购后主要是做大市场、提高利润、概念炒作，以便诱取他人购买。
4）协议股权转让并购一般都是善意收购，公开收购；私募股权投资并购可以善意收购也可恶意收购，可以公开也可私下。
5）协议股权转让并购一般会成为母子公司结构；私募股权投资并购后会维持其独立性。
6）协议股权转让并购是一般企业行为；私募股权投资并购准确讲是金融行为。相同点：
1）并购时间都依企业大小、复杂程度而有长有短。一般企业越大、产品越复杂的并购时间长些（3~5年）；反之则较短（3~12个月）。
2）并购程序近似，都要选择目标企业、经并购双方股东会同意、进行资产评估、商议转让价格、交割企业、企业整合等过程。
3）并购后都要派出主要管理人员对收购企业进行大动作的改革，含机构、组织、制度、市场、技术、人员等。注：上述涉及词汇没有褒义贬义之分，只是为了说明问题。
